| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
06/05/2019 |
|
Data da última atualização: |
06/05/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. |
|
Afiliação: |
Tiago Benedito dos Santos, Universidade do Oeste Paulista; João D. M. Soares, Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR; Joni E. Lima, Departamento de Botânica/Instituto de Ciências Biológicas/Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG; Juliana C. Silva, Programa de pós-graduação em Bioinformática/Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Suzana T. Ivamoto, Departamento de Botânica/Instituto de Biociências de Rio Claro/Universidade Estadual Paulista; Viviane Y. Baba, Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR; Silvia G. H. Souza, Laboratório de Biologia Molecular/Universidade Paranaense; Alan P. R. Lorenzetti, Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular/Universidade Estadual de Londrina - UEL; Alexandre R. Paschoal, Programa de pós-graduação em Bioinformática/Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Anderson R. Meda, Laboratório de Biotecnologia Vegetal, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR; Milton Y. Nishiyama Júnior, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada/Instituto Butantan; Úrsula C. de Oliveira, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada/Instituto Butantan; João B. Mokochinski, Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas; Romain Guyot, IRD, UMR IPME, COFFEEADAPT; Inácio L. M. Junqueira-de-Azevedo, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada/Instituto Butantan; Antônio V. O. Figueira, Centro de Energia Nuclear na Agricultura/Universidade de São Paulo - USP; Paulo Mazzafera, Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular/Universidade Estadual de Londrina - UEL; Osvaldo R. Júnior, Life Sciences Core Facility - LaCTAD/Universidade Estadual de Campinas; Luiz G. E. Vieira, Universidade do Oeste Paulista; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; Douglas S. Domingues, Departamento de Botânica/Instituto de Biociências de Rio Claro/Universidade Estadual Paulista. |
|
Título: |
An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. |
|
Ano de publicação: |
2019 |
|
Fonte/Imprenta: |
Functional & Integrative Genomics, v. 19, n. 1, p. 151-169, January, 2019 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Coffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12 genes by RT-qPCR. Illumina small RNA sequencing yielded 8,524,332 non-redundant reads, resulting in the identification of 86 microRNA families targeting 253 genes. The transcriptional pattern of eight miRNA families was also validated. To our knowledge, this is the first catalog of differentially regulated amino acids, N sources, mRNAs, and sRNAs in Arabica coffee roots. |
|
Palavras-Chave: |
Differential gene expression; Nitrogen transport; RNA-seq. |
|
Thesaurus Nal: |
MicroRNA. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/196962/1/An-integrated-analysis-of-mRNA-transcriptional.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02379naa a2200409 a 4500
001 2108713
005 2019-05-06
008 2019 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSANTOS, T. B. dos
245 $aAn integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots$binsights on nitrogen starvation responses.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aCoffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12 genes by RT-qPCR. Illumina small RNA sequencing yielded 8,524,332 non-redundant reads, resulting in the identification of 86 microRNA families targeting 253 genes. The transcriptional pattern of eight miRNA families was also validated. To our knowledge, this is the first catalog of differentially regulated amino acids, N sources, mRNAs, and sRNAs in Arabica coffee roots.
650 $aMicroRNA
653 $aDifferential gene expression
653 $aNitrogen transport
653 $aRNA-seq
700 1 $aSOARES, J. D. M.
700 1 $aLIMA, J. E.
700 1 $aSILVA, J. C.
700 1 $aIVAMOTO, S. T.
700 1 $aBABA, V. Y.
700 1 $aSOUZA, S. G. H.
700 1 $aLORENZETTI, A. P. R.
700 1 $aPASCHOAL, A. R.
700 1 $aMEDA, A. R.
700 1 $aNISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.
700 1 $aOLIVEIRA, U. C. de
700 1 $aMOKOCHINSKI, J. B.
700 1 $aGUYOT, R.
700 1 $aJUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.
700 1 $aFIGUEIR, A. V. O.
700 1 $aMAZZAFERA, P.
700 1 $aR. JÚNIO, O.
700 1 $aVIEIRA, L. G. E.
700 1 $aPEREIRA, L. F. P.
700 1 $aDOMINGUES, D. S.
773 $tFunctional & Integrative Genomics$gv. 19, n. 1, p. 151-169, January, 2019
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|
Data corrente: |
22/12/2008 |
|
Data da última atualização: |
13/01/2009 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
SOARES FILHO, W. dos S.; RITZINGER, R.; SANTANA, I. B. B.; CRUZ, E. S. da. |
|
Afiliação: |
Walter dos Santos Soares Filho, CNPMF; Rogério Ritzinger, CNPMF; Ivonilda Barbosa Brito Santana, UFRB; Elaine Silva da Cruz, UFRB. |
|
Título: |
Pré-melhoramento genético de umbu-cajazeira. |
|
Ano de publicação: |
2008 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 461. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
A umbu-cajazeira (Spondias sp.), família Anacardiaceae (Lindl.), entre outras espécies de Spondias (L.), como o umbuzeiro (S. tuberosa Arruda Câmara) e a cajazeira (S. mombin L.), ocorre principalmente no Nordeste brasileiro. Típica do Semi-árido (Caatinga), também é encontrada em outros ecossistemas, como o da Mata Atlântica, em decorrência de movimentos antrópicos. As plantas localizam-se, em regra, próximas a residências, indicando estreita dependência da presença humana quanto à sua propagação e dispersão. Tolerante à seca, atinge de 6 a 8 m de altura e até 20 m de diâmetro de copa, sendo o formato da planta muito parecido com o do umbuzeiro, embora com maior tamanho. Desde o ano 2000, a Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical vem desenvolvendo ações, no Estado da Bahia, objetivando localizar áreas de ocorrência, preservar, caracterizar e avaliar acessos de umbu-cajazeira. Cerca de 80 indivíduos foram identificados em 24 municípios baianos, 18 dos quais em região semi-árida. Esses genótipos tiveram sua posição geográfica determinada por GPS (Global Position System), estabelecendo-se uma coleção in situ dos mesmos. Amostras de frutos desses indivíduos foram coletadas, analisando-se suas características físicas, químicas e físico-químicas, compreendendo os caracteres: comprimento, diâmetro e peso do fruto, peso de polpa e de caroço, relação polpa/caroço, pH do suco, acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST), relação SST/ATT e teor de ácido ascórbico. Foram selecionados dez acessos com características comerciais: Aurora, Boa Vista, Esperança, Favo de Mel, Ouro, Pingo de Mel, Preciosa, Princesa, Santa Bárbara e Suprema. Tais genótipos, entre outros representativos da variabilidade genética detectada nos trabalhos de prospecção, foram clonados, compondo um banco ativo de germoplasma na Embrapa Mandioca e Fruticultira Tropical, Cruz das Almas - BA, compreendendo, atualmente, 15 acessos. MenosA umbu-cajazeira (Spondias sp.), família Anacardiaceae (Lindl.), entre outras espécies de Spondias (L.), como o umbuzeiro (S. tuberosa Arruda Câmara) e a cajazeira (S. mombin L.), ocorre principalmente no Nordeste brasileiro. Típica do Semi-árido (Caatinga), também é encontrada em outros ecossistemas, como o da Mata Atlântica, em decorrência de movimentos antrópicos. As plantas localizam-se, em regra, próximas a residências, indicando estreita dependência da presença humana quanto à sua propagação e dispersão. Tolerante à seca, atinge de 6 a 8 m de altura e até 20 m de diâmetro de copa, sendo o formato da planta muito parecido com o do umbuzeiro, embora com maior tamanho. Desde o ano 2000, a Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical vem desenvolvendo ações, no Estado da Bahia, objetivando localizar áreas de ocorrência, preservar, caracterizar e avaliar acessos de umbu-cajazeira. Cerca de 80 indivíduos foram identificados em 24 municípios baianos, 18 dos quais em região semi-árida. Esses genótipos tiveram sua posição geográfica determinada por GPS (Global Position System), estabelecendo-se uma coleção in situ dos mesmos. Amostras de frutos desses indivíduos foram coletadas, analisando-se suas características físicas, químicas e físico-químicas, compreendendo os caracteres: comprimento, diâmetro e peso do fruto, peso de polpa e de caroço, relação polpa/caroço, pH do suco, acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST), relação SST/ATT e teor de ácido ascórbico. For... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Preservação; Spondia; Variabilidade genética. |
|
Thesagro: |
Cajá; Fruta Tropical; Germoplasma; Umbu. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02723naa a2200241 a 4500
001 1655671
005 2009-01-13
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSOARES FILHO, W. dos S.
245 $aPré-melhoramento genético de umbu-cajazeira.
260 $c2008
520 $aA umbu-cajazeira (Spondias sp.), família Anacardiaceae (Lindl.), entre outras espécies de Spondias (L.), como o umbuzeiro (S. tuberosa Arruda Câmara) e a cajazeira (S. mombin L.), ocorre principalmente no Nordeste brasileiro. Típica do Semi-árido (Caatinga), também é encontrada em outros ecossistemas, como o da Mata Atlântica, em decorrência de movimentos antrópicos. As plantas localizam-se, em regra, próximas a residências, indicando estreita dependência da presença humana quanto à sua propagação e dispersão. Tolerante à seca, atinge de 6 a 8 m de altura e até 20 m de diâmetro de copa, sendo o formato da planta muito parecido com o do umbuzeiro, embora com maior tamanho. Desde o ano 2000, a Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical vem desenvolvendo ações, no Estado da Bahia, objetivando localizar áreas de ocorrência, preservar, caracterizar e avaliar acessos de umbu-cajazeira. Cerca de 80 indivíduos foram identificados em 24 municípios baianos, 18 dos quais em região semi-árida. Esses genótipos tiveram sua posição geográfica determinada por GPS (Global Position System), estabelecendo-se uma coleção in situ dos mesmos. Amostras de frutos desses indivíduos foram coletadas, analisando-se suas características físicas, químicas e físico-químicas, compreendendo os caracteres: comprimento, diâmetro e peso do fruto, peso de polpa e de caroço, relação polpa/caroço, pH do suco, acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST), relação SST/ATT e teor de ácido ascórbico. Foram selecionados dez acessos com características comerciais: Aurora, Boa Vista, Esperança, Favo de Mel, Ouro, Pingo de Mel, Preciosa, Princesa, Santa Bárbara e Suprema. Tais genótipos, entre outros representativos da variabilidade genética detectada nos trabalhos de prospecção, foram clonados, compondo um banco ativo de germoplasma na Embrapa Mandioca e Fruticultira Tropical, Cruz das Almas - BA, compreendendo, atualmente, 15 acessos.
650 $aCajá
650 $aFruta Tropical
650 $aGermoplasma
650 $aUmbu
653 $aPreservação
653 $aSpondia
653 $aVariabilidade genética
700 1 $aRITZINGER, R.
700 1 $aSANTANA, I. B. B.
700 1 $aCRUZ, E. S. da
773 $tIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 461.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
|
|
Nenhum exemplar cadastrado para este documento. |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
